扁桃体在发挥免疫功能的过程中，主要发生的免疫反应是体液免疫和细胞免疫，发挥抵御细菌或病毒的侵入。但如果扁桃体经常发炎，或者过度肥大有严重影响吞咽或呼吸，或者长了乳头状瘤等新生物，需要手术切除。手术切除扁桃体后没有大的影响，但可能存在以下风险。
一、手术期的影响
1.手术中的风险。
扁桃体血管丰富，手术中最大的风险就是出血，不过现在的医疗条件比较好，一般采用全麻手术，即使出血都能及时有效处理。
2.手术后短期的影响。
扁桃体切除手术后短期内的反应主要包括疼痛，吞咽困难，后续出血等风险。一般这些风险不大，主要通过饮食控制，或者使用抗生素等来治疗。
二、手术后的远期影响
1.可能会咽干或原有咽干加重。
扁桃体是身体的重要免疫器官之一，虽然切除后对整个免疫系统没有大的影响，但可能对咽部局部粘膜免疫有一定影响，可能出现咽喉部干燥，不适等表现。
2.咽部异物感。
虽然扁桃体慢性炎症可能会造成咽喉部有异物感，但扁桃体切除后可能引起咽部淋巴滤泡代偿性增生肥大，而导致咽部异物感不缓解或加重。
扁桃体本身属于免疫器官的一部分，如果是年纪较小的儿童切除了扁桃体，可能就发挥不了其免疫作用。小小的感冒出现后可能就会导致其他并发症的出现，更容易引发急性支气管炎、支气管肺炎等疾病。因此，切除扁桃体需要慎重。
如果扁桃体发炎的是孩子的话，不建议过度使用内服药，因为孩子的免疫系统不如大人完善，可以先使用纯中药的外用喷剂，如宁药尘扁喷。 它使用的是养之初品牌，外用喷剂无副作用，一般1到2个疗程就可以见效，外喷药剂主要以乙醇、贝母、铁皮石斛、蒲公英等天然植物提取液为有效成分，对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、白色念珠菌等有杀灭作用，对皮肤表面抗菌抑菌有很好的效果。
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